Микробиологическое исследование выявляет наиболее распространенных возбудителей кишечных инфекций: сальмонеллы, шигеллы и энтеропатогенные виды кишечной палочки. Проводится точная идентификация сальмонелл до группы, шигелл до вида и патогенных видов E. coli. Кал высевают на специальные обогащенные питательные среды. Антибиотикограмму выполняют классическим диско-диффузионным методом. Инфекция передается фекально-орально через пищу, воду и грязные руки. Инкубационный период длится от нескольких часов до 2 суток.