При ослабленні імунітету, а також при метаболічних розладах, генетично обумовлених порушеннях синтезу деяких ферментів склад мікрофлори кишечника може змінюватися. Розвивається дисбактеріоз, складовими якого є зростання умовно-патогенної мікрофлори, зникнення окремих представників нормальної мікрофлори, іноді – поява патогенів. Мікроорганізми, що містяться в кишечнику, частково виводяться з організму з каловими масами, їх дозволяє виявити бакпосів калу на дисбактеріоз.